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18/01/2018

DuPont também tem projeto genoma para milho

Um novo estudo sobre o milho comparando segmentos de genoma de duas linhas consanguíneas revelou que metade da sequência e um terço do conteúdo de gene não é compartilhado, o significa mais diversidade dentro das espécies que entre outras espécies como os humanos ou chimpanzés, que exibem mais de 98% de similaridade de sequenciamento.

Um projeto ambicioso da DuPont Pioneer coletou um pangenoma baseado na alta velocidade, alto rendimento do sequenciamento de uma molécula única em tempo real e na montagem. Com descrito em outro caso de pesquisa, a companhia desenvolveu uma forma de montar genomas de referência de alta qualidade em apenas um mês e começou a criá-los para suas próprias linhas de criação de elites, bem como selecionar estirpes selvagens.

Tendo múltiplas montagens de genoma com o mesmo alto padrão para vários genótipos serão cada vez mais importantes como pesquisadores tentam alcançar um maior entendimento do impacto da variação estrutural dos genomas de plantas, diz o pesquisador Kevin Fengler, do grupo de Informática e Dados Científicos da DuPont Pioneer.

“Queremos focar na variação estrutural e temos confiança nas novas descobertas que teremos com esses genomas”, acrescentou. “Até agora, estamos focando em uma referência limitou nossa visão. Estamos apenas começando a explorar o que tivemos perdendo todo o tempo”.

Da comercialização ao melhoramento de cultivos para responder questões básicas sobre biologia, gerando e analisando várias referências gera muitos benefícios para as configurações de laboratórios.

“Ficou claro que um único genoma não é suficiente para representar o grande montante da variação de genomas de arroz”, escreveu Zhi-Kang Li da Academia Chinesa de Ciências Agrícolas nessa recente publicação na revista Nature Scientific sobre o genoma do arroz japônica.

Rod Wing, do Instituto de Genômica do Arizona, concorda. Ele está buscando genomas de referência de alta qualidade para 23 novas espécies de arroz usando sequenciamento de molécula única em tempo real. Além de fornecer precisão, leitura de grande quantidade de dados de sequenciamento, Wing diz que a plataforma PacBio também é útil para toda a duração do sequenciamento RNA e sua habilidade de caracterizar a metilomae. Ele nota que pode levar tecidos de arroz a várias fases de desenvolvimento sob várias condições ambientais, isolar o RNA, e ainda fazer análise de sequenciamento de isoforma sobre essas amostras para permitir a análise total do transcriptoma da planta, o que poderia ajudar as redes de mapas comunitários de genes.​

Fonte: Agrolink